Die Geschichte der Stadt beginnt in der ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts. 1415 Wierzbięta Krotoski (oder Krotoszyński), ein Ritter des großpolnischen Geschlechts Łodzie, kraft der Privilegien, die er einige Jahre früher vom König Władysław Jagiełło bekommen hat. gründete die Stadt Krotoszyn, an der Stelle, wo sich heute das Stadtzentrum befindet. Im 16. Jahrhundert wurde die Stadt von dem Geschlecht von Rozdrażewscy übernommen. Die während der Kriege mit Schweden zerstörte Stadt erblühte Ende des 17. Jahrhunderts. Das Zeichen dafür war das Rathaus, das 1689 fertig gebaut wurde.

Die neuen Besitzer gaben der Stadt neue, schöne Gebäuden. Die letzten Besitzer der Stadt waren Mitglieder der deutschen Herzogsfamilie von Thurn und Taxis. Nach dem ersten Weltkrieg und dem großpolnischen Aufstand befand sich die Stadt auf dem Gebiet von unabhängigem polnischem Staat. Im September 1939 wurde die Stadt von Hitlerarmee besetzt. In dem Landkreis Krotoszyn waren Untergrund- und Saboteurgruppen tätig. Die Stadt wurde am 23. Januar 1945 befreit.